موسسه خيريه در تاريخ 29/3/1344 توسط مرحوم حسين همدانيان تأسيس گرديده و تحت شماره 40 در دفتر ثبت مؤسسات ملي اداره ثبت شرکتهاي اصفهان به ثبت رسيده و بدواً توسط خود ايشان اداره مي گرديده است. اين نحوه عمل تا سال 1354 ادامه داشته و دراين سال با تدوين اساسنامه جديد و واگذاري قسمتي از اموال مرحوم حسين همدانيان به موسسه خيريه عمليات آن تحت نظر هيات موتمنين منتخب مسئولان وقت قرار گرفته است.
پس از به ثمر رسيدن انقلاب اسلامي پاره اي تغييرات در اساسنامه موسسه خيريه داده شده و نهايتا براساس دستور مورخ 21/8/1364 حضرت امام خميني (ره)، مقرر شد که اداره امور موسسه خيريه طبق اساسنامه اي که در زمان حيات مرحوم حسين همدانيان در تاريخ 8/2/1354 به ثبت رسيده بود، انجام گيرد که به اين ترتيب پس از ثبت مراتب امر در تاريخ 27/8/1364 در اداره ثبت شرکتهاي اصفهان، اداره امور موسسه خيريه از اواخر آبان ماه 1364 تا بهمن 1378 براساس مفاد اساسنامه فوق الذکر انجام گرفته است.
سپس بموجب امريه مقام معظم رهبري«مدظله العالي» به تاريخ 5/8/1377، کليه امور موسسه خيريه به حضرت آيت ا… العظمي حسين مظاهري«مدظله العالي» تفويض شده است تا با تهيه و تصويب اساسنامه جديد، هيات امنايي متناسب مصارف موردنظر بنيانگذار موسسه خيريه توسط ايشان منصوب و درآمدهاي موسسه در مصارف فرهنگي و بهداشتي و امور عام المنفعه صرف شود. لذا طبق آگهي ثبت شماره 10090/ش مورخ 29/2/1386 يک ماده واحده به اساسنامه مؤسسه اضافه و براين اساس، اختيارات نصب ارکان موسسه اعم از هيات امناء، هيات مديره، مديرعامل، بازرس و خزانه دار به حضرت آيت ا… العظمي مظاهري واگذار و  همچنين طبق آگهي شماره 5.277 مورخ 12/4/1385 اساسنامه جديد مؤسسه مشتمل بر بيست و هفت ماده تصويب و جايگزين اساسنامه قبلي گرديد.
بموجب مفاد اساسنامه جديد، ارکان مؤسسه، عبارتند از رياست عاليه، هيأت امناء، هيأت مديره، مديرعامل، بازرسان و سال مالي مؤسسه از اول تيرماه هر سال لغايت پايان خردادماه سال بعد مي باشد.
موضوع فعاليت مؤسسه
براساس مفاد ماده ششم اساسنامه کنوني مؤسسه، موضوع فعاليت واهداف کلان اين مؤسسه عبارتند از:
1- برنامه ريزي و اقدام براي هرگونه فعاليت عام المنفعه و خيريه نظير: «رسيدگي به ايتام و مستمندان »،‌ » امور بهداشت  و درمان »، «رفاه و تعاون عمومي»؛
2- انجام و پشتيباني اقتصادي هرگونه فعاليت لازم در جهت «احياء و ارتقاء  فرهنگ ديني و گسترش مذهب حقه جعفري» و «حفظ، تقويت و اعتلاء حوزه هاي علميه تشيع » و «توسعه تعليم و اشاعه مباني ديني و ارزشهاي انقلاب و نظام مقدس جمهوري اسلامي ايران» و «توسعه تعليم و تربيت دانشگاهها و آموزش و پرورش» و نظاير آن و
3- هرگونه فعاليت اقتصادي، به منظور تقويت بنيه مالي و نيل به اهداف فوق